為了保證螺桿空壓機的安全運行，油路必須清潔，無雜質夾帶。因為即便是少量雜質進入高速運行的軸承、密封、調節閥，以及共用油系統的汽輪機軸承和調速器，也會造成嚴重故障，使軸承燒壞，使調節閥、調速器失效，危及整個機組的安全運行。
所以，新安裝的油路系統必須仔細清潔，以除去夾帶在管路及其附件上的油污、鐵屑、焊渣、氧化物、灰塵等雜質保證油路暢通，調節機構運行準確靈敏，機組安全運行。其次每次機器深度維護后，油路系統也應清潔。
清潔步驟一般分階段進行，具體如下：
讓螺桿空壓機潤滑油進入油管、回油管、軸承箱、密封油腔，而不是調速器、跳閘閥、自動調節閥；同時卸下軸承瓦的上瓦和密封件，留下下瓦，使轉子在氣缸中得到支撐，也可以用油清洗專用假瓦代替下瓦。有些自動調節閥不通油，可以用手動旁通閥連接進排油管。對于沒有旁路的調速器、跳閘閥等，需要連接臨時管道。拆卸密封件的數量取決于具體結構，但要保證油不進入氣缸。
一些工廠將這個階段的工作分為兩個步驟，即第一步是清潔所有油管，第二步是將油通入軸承箱和密封油腔。每次用8~12h的油清洗后，取下各過濾器的芯子進行檢查，比較收集過濾器的渣滓。然后進行清洗，直到滿足要求為止。關于油清洗質量檢查的具體標準，沒有統一的規定。一般來說，在這個階段，各進油過濾器肉眼看不到過濾器，或者只有個別的細小過濾器，在過濾器的臨時過濾器中，每平方厘米的雜質在2~4點以下即可。按照正常運行要求，安裝所有軸承、密封等，使油通過所有部件。
濾清器也使用正規過濾器，螺桿空壓機潤滑油和控制油壓力控制在正常工作壓力下，密封油達到要求的油壓差。使得濾芯及每一進油口濾網肉眼看不見濾渣，則油箱內油化學分析結果為無酸、無水、無灰塵。
